Sakaguchi zag iets wat anderen over het hoofd zagen. Hij isoleerde T-cellen van gezonde muizen en injecteerde ze in muizen zonder thymus. De resultaten verrasten hem. Sommige T-cellen konden beschermen tegen auto-immuunziekten. Maar helper-T-cellen activeren normaal gesproken het immuunsysteem, ze kalmeren het niet.
Hij besteedde meer dan tien jaar aan het zoeken naar een manier om deze beschermende cellen te identificeren. In 1995 publiceerde hij zijn bevindingen in The Journal of Immunology. Een specifieke klasse T-cellen met zowel CD4- als CD25-eiwitten op hun oppervlak bleek immuunaanvallen te kunnen onderdrukken. Hij had regulatoire T-cellen ontdekt.
De meeste wetenschappers bleven sceptisch. Het bewijs zou uit een onverwachte hoek komen: zieke muizen die tijdens het Manhattanproject waren geboren.
